微机发电机纵差保护方案有：采样瞬时值法、基波比率制动法、基波标积制动式三种。
采样瞬时值法是直接利用发电机的机端和中性点处电流的瞬时采样值，按照纵差保护原理实现的继电保护算法。
基波比率制动式是利用发电机机端和中性点处电流的基波相量之差的幅值为动作电流，以发电机的机端和中性点处电流的基波相量之和的幅值为制动电流，以动作电流大于制动电流与制动系数的积为依据，判断发电机内部发生相问短路故障。
基波标积制动式是以发电机的机端和中性点处电流的基波相量之差的平方为动作量，以发电机机端和中性点处电流的基波相量标量积为制动量，反映发电机内部故障的保护。